В музейных фондах объединения около миллиона единиц хранения. Здесь собраны уникальные музыкальные инструменты, рукописи, документы, личные вещи музыкантов, книги и ноты. Обширен фонд аудио- и видеозаписей; собрание изобразительных материалов могло бы составить не одну экспозицию художественного музея. В объединении ведется исследовательская работа по изучению фондов и введению в научный и культурный оборот неизвестных, забытых произведений.
В июле 2010 года в состав Всероссийского музейного объединения музыкальной культуры вошла Государственная коллекция уникальных музыкальных инструментов Российской Федерации - крупнейшее собрание струнных инструментов мастеров разных стран и эпох, среди которых шедевры А. Страдивари, семей Гварнери, Амати.