В настоящее время в музее представлены 33 экспозиции, которые были созданы в разное время и с разными целями, в первую очередь для демонстрации классификации магматических горных пород и руд, результатов деятельности различных геологических (в том числе рудообразующих) процессов. В 2014 году была создана экспозиция "Главные достижения института", где представлены различные издания, монографии, авторами которых являются сотрудники института, и образцы горных пород и руд, которые были изучены в процессе научно-исследовательских работ.
Наибольший интерес представляют экспозиции: "Внеземное вещество и импактиты", созданная совместно с Общественной организацией "Русское общество любителей метеоритики"; "Технические продукты - аналоги природных горных пород"; "Мемориальные коллекции"; "Магматизм полярных районов России по данным экспедиций Э.В.Толля 1885-1902 гг."; "Восточно-африканский рифт"; "Руды главных металлогенических провинций России" и многие другие