Экспозиция Музея строится на исторических источниках, разрозненных событиями XX в. по различным музеям, архивам, библиотекам и частным собраниям. Документальный ряд представлен материалами Архива внешней политики Российской Империи МИД РФ (ф. Палестинского Общества), а также фрагментами архива и библиотеки ИППО, сохранившимися в Москве и на Сергиевском подворье в Иерусалиме. В основу изобразительного ряда легли материалы фототеки Палестинского Общества, хранящейся в Государственном музее истории религии в Санкт-Петербурге, а также личных собраний членов Общества.