Музей метрополитена открылся в ноябре 1967 года стараниями энтузиастов - ветеранов труда метрополитена, по крупицам собиравших будущие экспонаты: документы, фотографии, образцы различной техники. При создании фондов были использованы материалы Управления метрополитена, Государственного архива кино- и фотодокументов, Российской государственной библиотеки, а также различное оборудование, снятое с эксплуатации. Многие документы и отдельные предметы были переданы в дар музею частными лицами.
Экспозиция построена так, чтобы максимально полно раскрыть историю создания метрополитена и его развития до настоящего времени. Уникальные экспонаты демонстрируют трудовой подвиг тех, кто создавал это инженерное и архитектурное чудо и обеспечивал его функционирование. В экспозиции представлены и другие тематические разделы: "Метрополитен в годы Великой Отечественной войны: транспорт и бомбоубежище", "Метрополитен как архитектурный памятник", "Содружество метрополитенов России, стран СНГ и других стран мира".