История старейшего в стране и одного из старейших в Европе Минералогического музея тесно связано с развитием минералогии в России. Основа музея была заложена организацией в 1716 году Минерального кабинета Кунсткамеры в Санкт-Петербурге. Для этого по приказу Петра I в Данциге у доктора медицины Готвальда была приобретена обширная по тому времени коллекция минералов (1195 образцов), с которой и начал свое существование Минеральный кабинет Кунсткамеры. Эта коллекция была дополнена образцами с российских месторождений и с 1719 года выставлена для публики в Санкт-Петербурге в здании Кикиных палат.
В 1725 г. была создана Академии наук в Петербурге. Кунсткамера стала одним из учреждений Академии, Минеральный кабинет был передан во владение последней и вырос в ее стенах в крупное научное учреждение, впоследствии Минералогический музей. В 1836 г. Минералогический музей выделился в самостоятельное учреждение Академии наук из Минерального кабинета.
Большая заслуга в развитии Музея в Академии наук как научного музейного учреждения нового типа принадлежит минералогу и геохимику, академику А.Е. Ферсману. Сегодня Минералогический музей, носящий его имя, - один из крупнейших в мире. Всего в собраниях - 135 000 образцов минералов из месторождений России и зарубежных стран. Основной фонд музея состоит из 5 коллекций: систематической, коллекции месторождений, коллекции кристаллов, коллекции образований и превращений, коллекции поделочных и драгоценных камней.