Музей А.С. Макаренко образован на общественных началах воспитанниками А.С. Макаренко и московскими педагогами в 1983 г. на основе личных коллекций и коллекции Московского педагогического общества. В 1992 году музей был подчинен Центру внешкольной работы им. А.С. Макаренко, который тогда был организован при Западном административном округе Московским департаментом образования.
Музей является структурным подразделением Центра внешкольной работы им. А.С. Макаренко и хранит некоторые рукописные материалы из коллекции Российского педагогического общества о жизни и деятельности Антона Семеновича Макаренко, включая письма, воспоминания, неопубликованные статьи его соратников, коллег, воспитанников.