Музей коневодства был открыт в Москве 23 января 1929 года и располагался в здании бывшего Императорского скакового общества при Государственном московском ипподроме. В 1940 году музей был переведён в здание Московской сельскохозяйственной академии имени К. А. Тимирязева.
Первоначально в состав музея были включена художественная коллекция Я. И. Бутовича. Я. И. Бутович был в своё время директором Прилепского конного завода Тульской области. Он собирал картины, рисунки, скульптуры, портреты рысаков своего конного завода. К 1917 году в его имении в Тульской губернии было целое художественное собрание «Коннозаводская галерея». Всё это было экспроприировано новой властью и позднее составило основу музея коневодства. В коллекцию музея вошли картины из Государственного музейного фонда, 12 тысяч книг и журналов, современных и изданных в XVI — XIX веках