Музей является учебно-просветительным и научно-исследовательским учреждением по животноводству. Базой для его создания послужила уникальная краниологическая коллекция, собранная академиком Е.Ф. Лискуном с целью изучения вопросов происхождения домашних животных. Музей такого профиля - единственный в стране.
В настоящее время главная коллекция музея насчитывает более 500 черепов животных, в т. ч. крупного рогатого скота 36 пород и породных групп. Коллекция образцов шерсти включает около 30 экземпляров от представителей тонкорунных, полутонкорунных и грубошерстных пород овец. В коллекции чучел домашних и диких животных - более 60 единиц хранения. Уникальными экспонатами являются роговые стержни и лобная часть черепа тура - предка европейских пород скота из четвертичных отложений. Фонд изобразительных источников состоит из живописных и скульптурных портретов ученых (в их числе скульптурные бюсты Е.Ф. Лискуна, И.С. Попова, а также Е.А. Арзуманяна, Н.И. Клейменова), скульптурных композиций члена Союза художников СССР С.М. Эйкельмана, произведений декоративно-прикладного искусства с изображением свиньи.