Музей "Дом на набережной" был образован 12 ноября 1989 года по инициативе одной из старейших жительниц дома Тамары Андреевны Тер-Егиазарян. Под музей было выделено помещение на первом этаже дома - бывшая квартира начальника охраны подъезда. В 1992 г. Министерство культуры РФ присвоило музею почетное звание "Народного музея".
С середины 1998 года Постановлением Правительства Москвы музей был реорганизован в Муниципальный краеведческий музей Управления культуры ЦАО города Москвы. Директором стала Ольга Романовна Трифонова, писательница, вдова советского писателя Юрия Валентиновича Трифонова, автора повести "Дом на набережной".
В течение двенадцати лет сотрудниками музея был собран большой материал об истории дома и его обитателях, в том числе документы, фотографии, личные вещи, книги и предметы интерьера. В музее побывали тысячи посетителей. Это единственный в стране и один из немногих в мире музеев Дома. Дом был опустошен репрессиями как никакой другой. В нем жили и живут политические деятели, военоначальники, знаменитые артисты, писатели и ученые.