Церковный музей Московской епархии Русской Православной Церкви сравнительно молодой, ему всего четыре года. Он был создан в стенах древнего Новодевичьего монастыря в июне 2010 года по распоряжению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия. Это - частное учреждение культуры, учредителем и собственником которого является Московская Епархия.
Церковный музей фактически стал приемником филиала Государственного Исторического музея, который долгие годы находился в Новодевичьем монастыре, и выехал с его территории в связи с передачей обители Московской епархии Русской Православной Церкви. В январе того же 2010 года распоряжением Правительства Российской Федерации весь комплекс зданий Новодевичьего монастыря в составе 47 строений и 5 иконостасов, был передан в безвозмездное срочное пользование Московской епархии Русской Православной Церкви. За всеми переданными объектами недвижимого имущества сохранился статус федеральной собственности, а за иконостасами еще и принадлежности Государственному музейному фонду.