Коллективу музея потребовались шесть лет работы, чтобы сформировать предметный ряд, позволяющий отразить историю от начала становления мытного и таможенного дела в Древнерусском государстве в IХ веке до перестройки деятельности таможенных органов в 1986 году. Последующее развитие музейного собрания позволило наполнить предметами как экспозицию, так и подготовить и провести выставки музея в 2005-2011 годах, наиболее важными из которых являются: "Раритеты таможенной службы", "Новые поступления музея", "История форменной одежды должностных лиц таможенных органов", «Советская таможня. 1918-1991», «Департамент таможенных сборов. Эпоха реформ. 1864-1918», «Таможенная служба России. Мгновения истории. 1991-2011». В настоящее время фонды музея включают свыше 8 тысяч предметов. Экспозиция музея расположена на площади 196 м кв. в историческом здании Московской главной складочной таможни, построенном в 1847-1853 годах по проекту выдающегося архитектора России и Москвы Константина Андреевича Тона.