Экспозиция музея развернута в комплексе церкви Михаила Архангела, построенной в конце века XVII века по заказу первой жены Петра I Евдокии Лопухиной. В Настоятельском корпусе проходят периодические выставки, посвященные церковному искусству разных эпох. Музей знакомит посетителей с выдающимися образцами художественного творчества XI - XVII веков. Иконное собрание музея пользуется международной известностью и включает в себя многие выдающиеся произведения. Среди них шедевры художников круга Андрея Рублева и Дионисия, мастерской митрополита Макария и царя Ивана Грозного. Особенно полно представлено искусство XVII века, творчество иконописцев Оружейной палаты и региональных мастеров